بوکیجوتسو (武器، به معنی: تکنیک های مسلح) تکنیک هایی هستند که مستلزم استفاده از سلاح ها در مبارزه است، کاربران آن معمولاً سامورایی و شینوبی هستند. به دانش آموزان آکادمی استفاده از برخی سلاح های نینجایی و ابزارها مانند شوریکن و کونای، به وسیله انجام تمرینات یاد می دهند.
بوکیجوتسو را می توان در ترکیب با تایجوتسو، نینجوتسو، گنجوتسو، گردش چاکرا، و حتی سلاح های دیگر به منظور ایجاد تخریب بیشتر استفاده کرد، استفاده کاکاشی هاتاکه از کونای رعد و برقی، استفاده آسوما ساروتوبی از چاکرای چاقوهای بادی، و سلاح های بادی دانزو شیمورا.